Kann man nicht so pauschal beantworten.Den meisten Portabelen Playern ist es Wurst, wie und in welchen Unterverzeichnissen MP3 Files abgelegt werden. Probleme gibt es lediglich bei der Reihenfolge mit denen sie abgespielt werden.
Die DVD Player mit MP3 Wiedergabe, die ich kenne (Yamakawa 713,715) haben generelle Probleme überhaupt MP3 wiederzugeben - Eigentlich ist die MP3 wiedergabe dort mehr ein Marketing Gag 
Nur bei einem Grundig DVD Player soll das Problem größtenteils gelöst sein.
Zu stationären MP3 Playern kann man sagen, das sie nicht so weit entwickelt sind wie die Portabelen (z.b. RioVolt, TDK MoJo u.a.)