Hab mir die r3mix-Vorschäge jetzt nicht nochmal durchgelesen. Hatte auch in Erinnerung, daß du nur mit dem Cue-Sheet arbeiten sollst, aber egal.Was mir noch ein wenig schleierhaft ist: Du splittest also die große VBR-Datei in mehrere kleinere VBR-Files und hast dann nur noch im ersten Stück einen Header (und dazu noch einen falschen). Soweit noch alles verstanden. 
Aber wieso willst du den Header jetzt entfernen? Wäre es nicht viel sinnvoller allen VBR-mp3s korrekte Header zu verpassen? Das geht z.B. mit VBRFix. Dann hast du bei allen Liedern die gewohnte Anzeige der Datenrate usw.