ja, wie mp3-fan schon schreibt, diese kurzen pausen lassen sich mit den gängigen mp3-encodern nicht vermeiden (blade hatte mal einen "nogap-switch"). nebenbei: ogg vorbis kann gapless kodieren.beim brennen auf audio-cd gibt es ja noch hilfslösungen mit cue-sheets oder crossfading-wavewritern. für pc-player gibt es entsprechende plugins.
bei hardware-playern finde ich diese kurzen pausen bei mix-cd's eigentlich nicht sonderlich störend. bei guten playern sind es nur sekundenbruchteile.
zur ausgangsfrage: zum nachträglichen mp3-schneiden gibt es tools wie z.B. mp3directcut: http://www.rz.uni-frankfurt.de/~pesch/